1.劉慧，黃小平，王元磊，梁洲瑞，古彬，蘇紀蘭，2016. 渤海曹妃甸新發現的海草床及其生態特征。生態學雜志，35（7）：1677-1683

2.劉慧，2016. 中國漁業水產學科發展戰略。[王穎等] 中國學科發展戰略 ? 海岸海洋科學。科學出版社，北京.

3.Liu H, Chang YQ, 2015. Sea urchin aquaculture in China. In: Brown NP, and Eddy SD [eds.]. Wiley Blackwell. pp368

4.唐啟升，劉慧，方建光，張繼紅，2015. 海洋生物碳匯擴增。[中國工程院生物碳匯擴增戰略研究課題組] 生物碳匯擴增戰略研究。科學出版社，北京。pp187

5.Liu H, Su JL, 2015. Vulnerability of China’s nearshore ecosystems under intensive mariculture development. Environ Sci Pollut Res. DOI 10.1007/s11356-015-5239-3

6.Su JL, Liu H, 2014. China’s approach to marine eco-aquaculture. Proceedings of International Conference on Eco-aquaculture and Public Health. Hong Kong. p18 (pp126)

7.朱建新，劉慧，徐勇，陳世波，劉圣聰，張濤，曲克明，2014. 循環水養殖系統生物濾器負荷掛膜技術研究。漁業科學進展，35（4）118-124

8.劉慧，方建光，2014. 大規模海水養殖的生態影響。[蘇紀蘭等] 中國海洋與海岸工程生態安全中若干科學問題及對策建議。科學出版社，北京.

9.Wang W., Liu H., Li Y.Q., Su J.L., 2014. Development and management of land reclamation in China. Ocean and Coastal Management, 102: 415-425 (co-first author)

10.劉慧, 蘇紀蘭, 2014. 基于生態系統的海洋管理理論與實踐。地球科學進展, 29(2): 275-284

11.國合會課題組. 2013. 中國海洋可持續發展的生態環境問題與政策研究。中國環境出版社，北京。pp 493

12.王清印，桂建芳，李家樂，鄒桂偉，江世貴，包振民，魏寶振，劉慧，2013. 水產遺傳育種與種子工程發展戰略研究。中國養殖業可持續發展戰略研究——水產養殖卷（中國工程院重大咨詢項目，中國養殖業可持續發展戰略研究項目組）。中國農業出版社，北京。pp67-105

13.陳世波，劉慧，朱建新，2013. 溫度調控對刺參夏眠期生長和體壁成分的影響。漁業科學進展，34（6）100-106

14.高春燕，劉慧，張婷婷，2013. 海帶發酵產甲烷的初步研究。可再生能源，10:109-114（通訊作者）

15.張婷婷，劉慧，葉乃好，2013. 顆粒大小和幾種預處理方法對滸苔厭氧發酵產沼氣的影響。上海海洋大學學報，22（5）：784-788（通訊作者）

16.陳世波，劉慧，朱建新，2013. 刺參夏眠及其工廠化養殖調控技術。漁業現代化，40（2）：33-38（通訊作者）

17.王清印，劉慧，2013. 我國水產種業發展述評。（王清印等編著）《水產生物育種的理論與實踐》，科學出版社，北京

18.呂為群，陳阿琴，劉慧，2012. 魚類腸道的碳酸鹽結晶物: 海水魚類養殖在碳匯漁業中的地位和作用。水產學報，36（12）：1924-1932

19.王清印，劉慧，2012. 水產遺傳育種領域研究進展。中國水產科學發展報告（2006-2010）（主編：張顯良等），中國農業出版社，北京。pp104-120

20.劉慧，唐啟升，2011. 國際海洋生物碳匯研究進展。中國水產科學，18（3）695-702

21.高春燕，劉慧，葉乃好，李曉川，2011. 大型海藻發酵生產甲烷技術研究。中外能源，16（4）27-35（通訊作者）

22.郭娜，董雙林，劉慧，2011. 幾種飼料原料對刺參幼參生長和體成分的影響。漁業科學進展，32（1）122-126（通訊作者）

23.李萱，曾曉明(通訊作者)*.2011.《中國水產科學》2010年文獻計量分析.農業圖書情報學刊.（10）

24.李萱,曾曉明*.淺談圖書館中文文獻信息資源的建設與服務.中國科技博覽,2013,(34):244

25.馮曉霞,曾曉明*.2001-2011年黃海所中文科技論文產出分析.中國科技成果,2013,(17):22-23

26.李萱,曾曉明*.圖書館外文文獻信息資源的建設與服務.中國科教創新導刊,2013,(32):270

27.曾曉明,馮曉霞*.從SCI論文看研究所的創新能力.中國科教創新導刊,2013,(34):25-26

28.王建坤 劉世祿。我國海水魚類養殖發展現狀與展望。海水養殖科技創新與發展，北京：海洋出版社，2013：p33-42.

29.王清印 劉世祿 王建坤。關于切實維護我國南海漁業權益的研究。 漁業信息與戰略，2012，(1)，12-17。

30.劉世祿，王建坤。關于加快發展我國海水養殖業的戰略思考。海水養殖與碳匯漁業，北京：海洋出版社，2012：p1-8。

31.劉世祿，王建坤。世界水產養殖發展現狀與趨勢。多營養層次的海水綜合養殖，北京：海洋出版社，2011：p1-7。

32.王清印，賈曉平，劉世祿，王建坤，陳作志。南海漁業發展戰略研究，2011。

33.唐啟升，劉世祿，王建坤等。浙江沿海及海島生態保育研究，2012

34.Ma C, Gao Q, Liang Y, Li C, Liu C, Huang J. Shrimp arginine kinase is a binding protein of WSSV envelope protein VP31. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2015. DOI: 10.1007/s00343-016-5198-7

35.陳嚴，2013. 2010-2011年《漁業科學進展》退稿原因分析及對策。科技信息12:443-444.

36.陳嚴，2011. 2004-2008年《海洋水產研究》研究生論文引文分析。農業圖書情報學刊，23（7），81-85

37.陳嚴，2011. 2004～2008年《海洋水產研究》研究生論文質量分析。農業圖書情報學刊，23（2），78-81

38.劉世祿, 馮小花, 陳輝. 關于加快發展我國遠洋漁業的戰略思考. 漁業現代化, 2014, 41(4) : 63?67

39.劉世祿, 馮小花, 陳輝. 世界海水養殖現狀、發展趨勢與特點. 科技創新與健康養殖, 2014, 1?8

40.孫龍啟, 劉世祿, 王建坤. 關于加快發展我國水產養殖傳感器的戰略思考[A]. 中國水產學會海水養殖分會2015年全國海水養殖學術研討會. 廣州, 2015.

41.孫龍啟, 林元燒, 陳俐驍, 曹文清, 鄭連明. 北部灣北部生態系統結構與功能研究VII: 基于Ecopath模型的營養結構和關鍵種篩選[J]. 熱帶海洋學報.