水產種質資源保護區是指為保護水產種質資源及其生存環境，在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁育區域，依法劃定并予以特殊保護和管理的水域、灘涂及其毗鄰的島礁、陸域。水產種質資源保護區分為國家級水產種質資源保護區和省級水產種質資源保護區。

目前，南平共有六個國家級水產種質資源保護區，分別是：武夷山九曲溪光倒刺鲃保護區、建甌建溪細鱗斜頜鲴保護區、順昌麻溪半刺厚唇

魚保護區、浦城南浦溪半刺厚唇魚保護區、光澤西溪中華

鱉保護區和松溪河厚唇魚保護區。