黑斑原鮡是雅魯藏布江中游特有種，也是雅魯藏布江8種鮡科魚類中唯一在中游（雅魯藏布江謝通門江段下至支流尼洋河及中游支流拉薩河的唐加至扎雪河段）分布的種，其分布海拔高度在2800米~4200米。近日，西藏自治區農科院水產所聯手諾禾致源及武漢理工大學公布了首個青藏高原特有魚類黑斑原鮡的基因組，這意味著填補了青藏高原魚類基因組空白，為后期種質資源保護和魚類適應性研究奠定了基礎。

黑斑原鮡基因組版本被確認

據悉，黑斑原鮡腹腔內除了具有正常的肝臟外，在皮膚與體壁肌肉之間分生出一個與腹腔內肝臟連接的相同功能的組織——腹腔外肝，但目前對于黑斑原鮡特殊的肝臟發育分子機制及其在適應性進化中的生理功能變化情況尚不清楚。

2008年，西藏自治區農科院水產所劉海平博士對采自雅魯藏布江林芝江段和日喀則江段的黑斑原鮡的外部形態和骨骼系統進行了研究，發現兩者并不存在差異。但查閱相關資料可以發現，一直以來，黑斑原鮡染色體組型上的研究都存在爭議。

作為西藏特有的珍稀土著魚類，黑斑原鮡資源量日漸衰退。與此同時，其市場價也在一路飆升，甚至出現了一魚難求的現象。自2016年以來，西藏自治區農科院水產所工作人員在黑斑原鮡曾經有分布的拉薩河連續嘗試捕撈，但沒有采集到一尾黑斑原鮡。面對這樣的情況，西藏自治區提出要對黑斑原鮡進行資源保護，加大對黑斑原鮡的養護進程刻不容緩。同年11月，西藏自治區農科院水產所得到西藏財政專項“黑斑原鮡種質資源保護與基因技術開發研究”的支持后，著手開展項目設定的相關內容。在歷時近半年的野外采樣中，科研人員從雅魯藏布江拉孜縣江段采集本項目需要的組織和環境樣本。2017年4月，開始進行基因組提取、測序和分析工作，從肌肉組織中提取總基因組DNA，并啟動建庫、測序和分析工作，共得到603.99Gb高質量基因組數據。“中間經歷了基因組初步組裝和驗證等分析工作，通過近半年的反復推敲，最終確認了黑斑原鮡基因組版本。”劉海平博士告訴筆者。

2018年8月14日，西藏自治區農科院水產所聯手諾禾致源及武漢理工大學公布了首個青藏高原特有魚類黑斑原鮡的基因組。

黑斑原鮡基因組為特色魚類繁育提供技術

黑斑原鮡基因組的公布是世界上首個青藏高原魚類的基因組，表明我國在青藏高原魚類基因組研究領域取得了階段性成果，這為學界和養殖行業都提供了寶貴的遺傳資源。“由于這個基因組是使用最新的三代測序和數據分析方法完成的，表明西藏自治區基因組研究進入到世界先進水平。”西藏自治區農科院水產所劉啟勇說。

黑斑原鮡基因組的成功解析將大大促進西藏自治區黑斑原鮡種質資源養護實踐和特色魚類生物多樣性的研究。據筆者了解，以前的群體研究使用了線粒體和少數幾個基因進行的群體分析，而現在可以在基因組基礎上對全基因組的標記進行分析，為更加全面和深入地研究黑斑原鮡的生物多樣性、徹底摸清西藏原生鮡科魚類的“家底”提供了參考。這些研究不僅可以為西藏自治區黑斑原鮡養護政策提供更加可靠的理論依據，也為相關的種質資源現狀調查和預測提供更加堅實的基礎。

那么，基因組的發現對人工繁殖技術是否有很大的推動作用？為此，筆者也進行了了解。

基因組包含生物，是細胞內一個生物所有遺傳信息的綜合，這些遺傳信息以核苷酸序列形式存儲在細胞核內，擁有了黑斑原鮡的基因組，為后續關于黑斑原鮡的分子生物學所有研究和應用奠定了基礎，包括繁殖育種領域。

“一方面，基因組的連續性和完整性都達到了非常高的水平，便于在后續研究中定位到重要經濟性狀相關的基因，比如繁殖力、生長速度、性別控制等方面，這些研究結果可以進行輔助選種，提供育種和繁殖過程中的人工選擇效率，提高養殖農戶的經濟收入。另一方面，基因育種是水產養殖育種的重要方向，我們解析的黑斑原鮡參考基因組就為這個技術在西藏冷水養殖應用中掃清了障礙，我們會在這個參考基因組的基礎上進行相關研究，有可能為西藏特色魚類繁育提供新的技術。”西藏自治區農科院水產所所長牟振波說道。